Основными задачами Управления являются:

Обеспечение соблюдения основных принципов и требований законодательства Российской Федерации при осуществлении Службой возложенных на нее функций.

Проведение единой политики по оптимизации управления бюджетными средствами и повышению результативности бюджетных расходов.

Совершенствование механизмов планирования государственных расходов на содержание Службы и организаций, находящихся в ведении Службы,
при реализации возложенных на нее функций и обеспечение результативности государственных расходов как главного распорядителя и получателя средств федерального бюджета.

Организация, ведение и совершенствование в системе Службы бюджетного и бухгалтерского учета, и отчетности в целях соблюдения финансовой и расчетной дисциплины.

Осуществление единого методологического руководства бюджетным бухгалтерским учетом и порядком составления отчетности организациями, находящимися в ведении Службы.

Составление сводной бюджетной и бухгалтерской, финансовой отчетности и представление ее в соответствующие органы в установленном законодательством Российской Федерации порядке.

Участие в осуществлении контроля за выполнением организациями, находящимися в ведении Службы, основных задач бюджетного и бухгалтерского учета, соблюдением требований по их ведению и составлению отчетности в соответствии с законодательством Российской Федерации.

Финансовое обеспечение деятельности центрального аппарата Службы, ее территориальных органов и подведомственных учреждений, в пределах средств, предусмотренных лимитами бюджетных обязательств.

Организационное обеспечение деятельности управлений Службы при размещении заказов на выполнение научно-исследовательских работ.

Координация, контроль, организационное и методическое руководство деятельностью территориальных органов и подведомственных учреждений Службы по вопросам, входящим в компетенцию Управления.

Участие в проведении контрольных и надзорных мероприятий, относящихся к компетенции Управления.

Регулирование в части администрирования доходов бюджетов бюджетной системы Российской Федерации.

Совершенствование механизмов прогнозирования доходов бюджетов бюджетной системы Российской Федерации.

Методологическое и организационное обеспечение работы территориальных органов Службы по контролю за правильностью исчисления, полнотой и своевременностью внесения в соответствующие бюджеты доходов администрируемых Службой, в том числе платы за негативное воздействие на окружающую среду, экологического сбора.

Взаимодействие с федеральными органами исполнительной власти Российской Федерации и органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации в установленной сфере деятельности Управления.

Планирование закупок товаров, работ, услуг для обеспечения центрального аппарата Службы.

Координация, организационно-методическое руководство по вопросам закупок товаров, работ, услуг территориальными органами Службы
и подведомственными учреждениями.

Размещение заказов для закупки товаров.